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[发明专利]用于对基因组进行压缩和解压缩的方法和装置-CN201310655168.1在审
发明人：丁建栋;严骏驰;张亚楠;龚旻;邱赟捷 -专利权人：国际商业机器公司
申请日： 2013-12-06 - 公布日： 2015-06-10 - 主分类号： G06F19/18 文献下载
摘要：本发明涉及用于对基因组进行压缩和解压缩的方法和装置。在一个实施方式中，提供了一种用于对基因组进行压缩的方法，包括：从参考数据库中选择与基因组相匹配的参考基因组；基于参考基因组中包括的多个分段在参考基因组中的位置来创建索引；基于多个分段将基因组与参考基因组进行比对，以标识基因组与参考基因组之间的差异数据；以及生成经压缩的基因组，经压缩的基因组至少包括索引和差异数据。在其他实施方式中，提供了一种用于对基因组进行压缩的装置，并提供了用于对采用上述方法和装置所压缩的基因组进行解压缩的方法和装置。采用本发明的技术方案，可以提高数据压缩率，并且在无需解压缩整个基因组的情况下访问基因组中的指定位置。
用于基因组进行压缩和解方法装置

[发明专利]宏基因组的重组装方法、重组装装置及终端设备-CN201911416602.4在审
发明人：余珂;乔雪姣;张立羽;谢克聪 -专利权人：余珂
申请日： 2019-12-31 - 公布日： 2020-05-15 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本申请适用于生物信息技术领域，一种宏基因组的重组装方法、重组装装置及终端设备，包括：获取经过基因组装处理和宏基因组分箱处理后的初始基因组集合，所述初始基因组集合中包括多个微生物基因组；提取所述初始基因组集合中每个物种的非冗余基因组，其中，所述非冗余基因组为所属物种对应的目标基因个数最多的微生物基因组；对各个非冗余基因组分别进行重组装处理，得到重组装后的微生物基因组。通过上述方法，能够得到质量较高的微生物基因组，进而为后续的基因研究提供了可靠的研究对象。
宏基组装方法装置终端设备

[发明专利]减毒的人－牛嵌合呼吸道合胞病毒疫苗的生产-CN200710167112.6无效
发明人：乌尔苏拉·布赫霍尔茨;彼得·L·柯林斯;布赖恩·R·墨菲;斯蒂芬·S·怀特黑德;克里斯蒂娜·D·克雷姆布尔 -专利权人：美国政府健康及人类服务部
申请日： 2000-06-23 - 公布日： 2008-09-10 - 主分类号： C12N7/01 文献下载
摘要：还提供了分离的多核苷酸分子和掺入嵌合RSV基因组或反基因组的载体，所述基因组或反基因组包括部分或完整人或牛RSV“背景”基因组或反基因组，所述“背景”基因组或反基因组组合或整合了不同RSV病毒株的一个或多个异源基因或基因组区段本发明的嵌合人－牛RSV包括衍生自或模仿自人或牛RSV病毒株或亚型病毒的部分或完整“背景”RSV基因组或反基因组，所述“背景”RSV基因组或反基因组组合了不同RSV病毒株或亚型病毒的一个或多个异源基因或基因组区段以形成人－牛嵌合RSV基因组或反基因组。在本发明优选的方面，嵌合RSV掺入部分或完整牛RSV背景基因组或反基因组，所述“背景”基因组或反基因组组合了来自人RSV的一个或多个异源基因或基因组区段。目的基因包括任一个NS1、NS2、N、P、M、SH、M2(ORF1)、M2(ORF2)、L、F或G基因，或包括蛋白质或其部分的基因组区段。
嵌合呼吸道病毒疫苗生产

[发明专利]减毒的人－牛嵌合呼吸道合胞病毒疫苗的生产-CN00810119.1无效
发明人：乌尔苏拉·布赫霍尔茨;彼得·L·柯林斯;布赖恩·R·墨菲;斯蒂芬·S·怀特黑德;克里斯蒂娜·D·克雷姆布尔 -专利权人：美国政府健康及人类服务部
申请日： 2000-06-24 - 公布日： 2003-03-12 - 主分类号： C12N15/86 文献下载
摘要：还提供了分离的多核苷酸分子和掺入嵌合RSV基因组或反基因组的载体，所述基因组或反基因组包括部分或完整人或牛RSV“背景”基因组或反基因组，所述“背景”基因组或反基因组组合或整合了不同RSV病毒株的一个或多个异源基因或基因组区段本发明的嵌合人－牛RSV包括衍生自或模仿自人或牛RSV病毒株或亚型病毒的部分或完整“背景”RSV基因组或反基因组，所述“背景”RSV基因组或反基因组组合了不同RSV病毒株或亚型病毒的一个或多个异源基因或基因组区段以形成人－牛嵌合RSV基因组或反基因组。在本发明优选的方面，嵌合RSV掺入部分或完整牛RSV背景基因组或反基因组，所述“背景”基因组或反基因组组合了来自人RSV的一个或多个异源基因或基因组区段。目的基因包括任一个NS1、NS2、N、P、M、SH、M2(ORF1)、M2(ORF2)、L、F或G基因，或包括蛋白质或其部分的基因组区段。
嵌合呼吸道病毒疫苗生产

[发明专利]一种构建病原生物基因组数据库的方法及装置-CN202210743555.X有效
发明人：黄毅;杨振宇;刘久成;黄靖传;易鑫;杨玲 -专利权人：北京吉因加科技有限公司;深圳吉因加医学检验实验室
申请日： 2022-06-27 - 公布日： 2023-05-09 - 主分类号： G16B50/30 文献下载
摘要：一种构建病原生物基因组数据库的方法及装置，该方法包括：获取基因组数据步骤，包括从数据库获取选定的病原生物的基因组数据；同源区域屏蔽步骤，包括对基因组数据进行质粒同源区域屏蔽、宿主源同源区域屏蔽，获得屏蔽同源区域后的基因组数据；融合基因组构建步骤，包括对屏蔽同源区域序列后的基因组数据中的各个基因组构建融合基因组；组库步骤，包括重复所述获取基因组数据步骤、同源区域屏蔽步骤、融合基因组构建步骤，遍历所选定的所有病原生物的基因组数据，汇总所有融合基因组，得到病原生物基因组数据库。
一种构建病原生物基因组数据库方法装置

[发明专利]识别胚胎中染色体异常的系统和方法-CN201980079901.5在审
发明人：约翰·布鲁克;迈克尔·J·拉奇;乔舒亚·布拉热克 -专利权人：合作基因组公司
申请日： 2019-10-07 - 公布日： 2021-08-06 - 主分类号： G16B20/10 文献下载
摘要：接收从胚胎获得的样本基因组序列信息，其中所述样本基因组序列信息由多个基因组序列读数组成。将样本基因组序列信息与参考基因组比对。将样本基因组序列信息相对于基线基因组序列信息进行归一化，以针对位点效应校正样本基因组序列信息，并生成归一化的样本基因组序列信息数据集。将来自误差因子的回归分析的一个或多个校正因子应用于归一化的样本基因组序列信息数据集，以校正技术效果并生成去噪的样本基因组序列信息数据集。当与参考基因组上的染色体位置比对的基因组序列读数的频率偏离频率阈值时，可以识别去噪后的样本基因组序列信息数据集中的拷贝数变异。
识别胚胎染色体异常系统方法

[发明专利]用于构建微生物基因组数据库的方法、设备和介质-CN202210977185.6在审
发明人：王晶;房柯池 -专利权人：中国科学院心理研究所
申请日： 2022-08-15 - 公布日： 2022-11-25 - 主分类号： G16B50/30 文献下载
摘要：本公开的实施例涉及用于构建微生物基因组数据库的方法、设备和介质。根据该方法，获取来自多个公共数据库的关于具有文献支持的微生物物种的基因组数据；基于微生物类别对所获取的基因组数据进行初步筛选；基于每一基因组的组装水平，将经初步筛选的基因组数据分组成第一基因组数据分组和多个第二基因组数据分组；从多个第二基因组数据分组中的至少一个中标识出病原微生物物种的基因组数据，以便确定经最终筛选的基因组数据；以及对经最终筛选的基因组数据进行去冗余处理，以便得到用于构建微生物基因组数据库的基因组数据。由此，使得所构建的微生物基因组数据库能够同时具有较高的比对率和比对效率。
用于构建微生物基因组数据库方法设备介质

[发明专利]一种病原微生物基因组数据库及其构建方法和应用-CN202310221252.6在审
发明人：叶生鑫;周桂兰 -专利权人：武汉艾迪康医学检验所有限公司
申请日： 2023-03-09 - 公布日： 2023-09-01 - 主分类号： G16B50/00 文献下载
摘要：本发明公开一了种病原微生物基因组数据库及其构建方法和应用，属于病原宏基因组检测领域。构建方法包括以下步骤：基因组及相关说明性文件获取；物种筛选：细菌去除种属名称不明确、暂定种，病毒去除噬菌体；按照预定规则筛选参考基因组；基因组筛选：保留参考基因组、代表性基因组，去除异常基因组，细菌和病毒去除完整度低和污染率高基因组；去除分类错误基因组、去除质粒序列、去除污染序列、去除宿主同源序列、去除参考物种基因组同源序列、去除低质量序列、去除冗余序列，基因组拼接。本发明构建的病原检测微生物高质量基因组数据库数据全面、质量高，用于宏基因组测序分析检测病毒时，分析时间短，分析结果准确度高。
一种病原微生物基因组数据库及其构建方法应用

[发明专利]菌株基因组注释查询方法、装置、电子设备及存储介质-CN202010813204.2在审
发明人：孙清岚;史文聿;范国梅;吴林寰;马俊才 -专利权人：中国科学院微生物研究所
申请日： 2020-08-13 - 公布日： 2020-12-04 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本公开提供了菌株基因组注释查询方法、装置、电子设备及存储介质。该方法的一具体实施方式包括：接收终端设备发送的菌株基因组注释查询请求，其中，菌株基因组注释查询请求包括待查询菌株测序项目标识，在菌株基因组注释数据库中查询菌株测序项目标识与待查询菌株测序项目标识匹配的菌株基因组测序信息，其中，菌株基因组测序信息包括菌株编号、菌株测序项目标识以及基因组注释，菌株基因组注释数据库存储至少一个菌株基因组测序信息，将查询到的菌株基因组测序信息中的基因组注释发送至终端设备。该实施方式实现了菌株基因组注释的准确查询。
菌株基因组注释查询方法装置电子设备存储介质

[发明专利]用于保存和使用基因组及基因组数据的方法-CN201980060499.6在审
发明人：李伦京;李有振;李荣优 -专利权人：李伦京
申请日： 2019-07-16 - 公布日： 2021-05-25 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明涉及用于进行下述操作的方法：将基因组数据分配并存储在多个节点中，多个节点各自包括通过将块进行连接而构造的区块链；检索所存储的基因组数据中的至少一个基因组数据；以及从用于存储多个基因组材料的基因组材料存储单元中获取与所检索的基因组数据相对应的基因组材料，基因组材料各自包括基因组和人工核酸序列。该方法包括：(1)由多个节点中的每个节点执行的基因组数据存储步骤；(2)由多个节点中的至少一个节点执行的基因组数据检索步骤；以及(3)认证步骤。
用于保存使用基因组数据方法

[发明专利]病原微生物基因组数据库及其建立方法-CN201910779825.0有效
发明人：许腾;陈文景;李永军;王小锐;苏杭 -专利权人：广州微远基因科技有限公司
申请日： 2019-08-22 - 公布日： 2020-05-05 - 主分类号： G16B35/10 文献下载
摘要：本发明涉及一种病原微生物基因组数据库及其建立方法，属于宏基因组技术领域。该方法包括以下步骤：数据获取：获取病原微生物基因组数据；菌株基因组筛选：按照预定筛选规则选取物种菌株基因组；去除质粒序列：去除上述得到的菌株基因组中存在的质粒序列；过滤：按照预定过滤规则，去除标注信息有误、染色体组装不完整，以及分类错误的菌株，得到该物种的参考菌株基因组；构建融合基因组：将上述参考菌株基因组打断，去除冗余，重新组装，再将序列重新拼接，得到该物种的融合基因组；组库：重复上述步骤，得到预定物种的融合基因组，汇总，即得病原微生物基因组数据库。该基因组数据库既有准确率高的优点，又具有分析时效短，节约成本的优势。
病原微生物基因组数据库及其建立方法

[发明专利]一种基于多个基因组比较和二代测序数据的全基因组关联分析方法-CN202110849440.4有效
发明人：王健;赵均良;杨武;李方平;刘斌;董景芳 -专利权人：广东省农业科学院水稻研究所
申请日： 2021-07-27 - 公布日： 2022-03-15 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于多个基因组比较和二代测序数据的全基因组关联分析方法，步骤一：使用比对软件将参考基因组和从头组装基因组文件进行比对，步骤二：根据插入片段大小及插入到参考基因组的位置，更新参考基因组中的注释基因位置或结构，步骤三：如果有多个从头组装基因组，依次迭代更新参考基因组；步骤四：利用比对软件将样品的二代测序数据比对到更新后的参考基因组上，步骤五，收集所有样品全部结构变异的分界点位置信息至一个集合中，构建群体基因型，步骤六：根据关联位点和更新后的参考基因组注释文件进行功能基因的候选，本发明实现了利用结构变异基因型数据进行全基因组关联分析。
一种基于基因组比较二代序数关联分析方法

[发明专利]一种基因组重测序分析系统及方法-CN201510997979.9在审
发明人：郑洪坤;孔关义;刘威 -专利权人：北京百迈客生物科技有限公司
申请日： 2015-12-25 - 公布日： 2016-06-08 - 主分类号： G06F19/18 文献下载
摘要：本发明提供了一种基因组重测序分析系统及方法，所述系统包括：Web应用单元，用于接收基因组重测序数据和基因组重测序参数；Java交互单元，用于根据所述Web应用单元接收的基因组重测序参数，生成基因组重测序任务信息；分析单元，用于根据所述Java交互单元生成的基因组重测序任务信息，读取所述基因组重测序数据，并通过调用生物信息学软件库和脚本库，对所述基因组重测序数据进行分析，获取基因组重测序分析结果。本发明通过调用生物信息学软件和个性化分析脚本库，简化基因组重测序分析流程，提高基因组重测序效率，节省了科研成本。此外，本发明还具有保存基因组重测序分析结果，进行二次查询的功能。
一种基因组重测序分析系统方法

[发明专利]真菌基因组测序数据自动分析方法及系统-CN202110271328.7在审
发明人：刘健;孙嘉良;陈娇 -专利权人：南开大学
申请日： 2021-03-12 - 公布日： 2021-06-25 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本公开提供了一种真菌基因组测序数据自动分析方法及系统，包括：获取真菌基因组测序数据，判断测序数据类型；根据测序数据的类型分别进行相应预处理；将预处理后的测序数据进行组装，得到组装后的contigs；基于基因组序列对比对contigs的相似参考基因组进行初步筛选，获得候选参考基因组；利用MinHash数据结构从候选参考基因组中估算所述contigs的相似参考基因组，实现真菌基因组鉴定；并利用获得的相似参考基因组对所述contigs进行下游分析；实现真菌基因组测序数据的自动分析；所述方案基于序列比对和MinHash数据结构对真菌全基因组进行鉴定，可以在实现对真菌种类进行鉴定的同时，找到与真菌同源性最高的参考基因组，从而便于下游分析
真菌基因组序数自动分析方法系统

[发明专利]一种组织微生物基因组去宿主化提取方法-CN202210072159.9在审
发明人：罗永挺;赵文婷;张旭;周帅帅 -专利权人：中国农业大学
申请日： 2022-01-21 - 公布日： 2022-06-14 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明涉及一种组织微生物基因组去宿主化提取方法，具体涉及针对人正常胃壁组织、胃癌组织和动脉硬化斑块的微生物基因组去宿主化提取方法。在宏基因组测序中，宿主基因组对微生物基因组存在干扰。通过提高测序样本的微生物基因组丰度，有助于进一步研究组织中微生物与健康的关系。本发明提供了一种新的去除宿主基因组的微生物基因组提取方法，使能对组织中的微生物样品进行宏基因组测序。去除微生物样品中的宿主污染，有助于提高测序基因组质量，满足宏基因组测序要求。
一种组织微生物基因组宿主提取方法

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